Stichter van de Gelnhausentak

In 1669 kocht Johan Karel het Fürstenhof ("Prinselijk hof") van Gelnhausen, waarbij de Residenz, tuinen en percelen land die eerst waren gegeven door de Heilig Roomse Keizer aan een eerdere Wittelsbach, Lodewijk III van de Palts, in 1435. In 1671 erfden Johan en zijn broer gezamenlijk de provincie Palts-Birkenfeld. In 1673 kwamen ze overeen dat, hoewel Christiaan Birkenfeld een ander erfdeel, Bischweiler, zou houden, Johan Karel het Neuburg apanage, een civiele lijst van 6000 gulden dat een derde deel van de inkomsten van nog een ander erfdeel vormt, het Vorstendom Palts-Neuburg - plus een jaarlijkse levering van vier karrenvrachten Moezelwijn van de Trarbach-wijnkelders ontvangen. In verdragen met zijn broer Christiaan II getekend in 1681 en 1683, kreeg Johan Karel de administratie van Gelnhausen toegewezen.

In 1685 trouwde Johan Karel met Sophie Amalie (1646-1695), zijn eerste vrouw, in Weikersheim. Ze was een dochter van Frederik van Palts-Zweibrücken en de weduwe van Graaf Siegfried van Hohenlohe-Weikersheim.

Hoewel Sophie Amalie stierf op 30 november 1695 zonder hem een mannelijke erfgenaam te schenken, schreef Johan Karel Christiaan op 25 juli 1696 dat als hij zou hertrouwen, doordat hij zich onbekwaam voelde alleen verder te leven en acht te slaan op zijn hartenwens, het enkel een morganatisch huwelijk zou zijn, omdat hij niet in staat was een dame van rang te handhaven. Drie dagen later, trouwde hij met de hofdame van zijn overleden vrouw, Esther Maria van Witzleben (1666-1725), de 30 jaar oude weduwe van een Herr von Brömbsen. Hoewel haar familie behoorde tot de Thüringse adel, misten ze de status van Rijksvrijheid die wel werd genoten door de Paltsgraven en Esther Maria's vader, Georg Friedrich von Witzleben-Elgersburg, bezette de post van hoofdranger (Oberforstmeister) bij het minuscule hof van het van Saksen-Römhild. Binnen enkele weken probeerde Johan Karel zich met zijn afkeurende broer te verzoenen, terwijl hij het huwelijk aan het licht bracht maar hem verzekerde dat het slechts een strikt particuliere regeling was, en dat als er daarvan kinderen zouden geboren worden, hij "niet meer voor hun zou eisen dan als edelen beschouwd te worden, zodat er niets te vrezen valt wat de opvolging betreft." Tegen Augustus had Johan Karel daartoe een strekkende overeenkomst (Vertrag) aangegaan met zijn oudere broer, maar veranderde later van gedachten. Hij verzocht de Keizer om zijn vrouw tot een Rijksgravin te maken, terwijl Christiaan II weigerde de kinderen geboren uit zijn broers huwelijk naderhand te herkennen (drie zonen en twee dochters) als patrilineaire afstammelingen van de dynastie.

Johan Karel stierf in 1704 en zijn weduwe diende een rechtszaak in tegen zijn broer in de Rijkshofraad van het Rijk op 3 september 1708. Ze verkreeg, op 11 april 1715, volle erkenning voor haarzelf en haar kinderen als prinselijke dynasten. Haar schoonbroer Christiaan II gedoogde in een overeenkomst van 29 oktober 1716, haar kinderen hun Paltse titels en opvolgingsrechten bevestigend, en hun toelage van 6000 naar 50 000 gulden verhogend. Niettemin, andere takken van het Huis van Wittelsbach bleven Johans kinderen behandelen als minderwaardig, weigerend hun recht om de patrimonia van de dynastie te erven te erkennen. In het Wittelbachs familieverdrag van 1771, die wederzijdse erfrechten tussen Paltse en Beierse takken oprichtte, waren erfgenamen van hun rijken beperkt tot agnates die legitiem en "niet waren geboren uit een ongelijk huwelijk" (nicht ex dispari matrimonio). Maar de Vrede van Teschen, die de Beierse Successieoorlog eindigde, erkende eindelijk in 1779, in Artikel 8, de dynastieke rechten van de nakomelingen van Johan Karel en Esther Marie von Witzleben, wiens kleinzoon, Wilhelm (1752-1837), ontving in 1803 het Hertogdom Berg als een apanage van de Graaf van Beieren in compensatie voor de cessie van zijn territoria aan de linkeroever van de Rijn aan Napoleon.

Berg was kort en bondig terug toegewezen aan Napoleons schoonbroer, Joachim Murat, door Beieren in 1806 in ruil voor het Vorstendom Ansbach, maar de titel van Graaf in Beieren, verleend door de Heilig Roomse Keizer aan Wilhelm op 16 februari 1799 dat verder gedragen werd door hun directe nakomelingen en erkend tot aan de afschaffing van het Duitse Rijk in 1918, en blijft in gebruik bij hun geadopteerde nakomelingen in de 21ste eeuw.