Otto II van Beieren (Kelheim, 7 april 1206 - Landshut, 29 november 1253) was de enige zoon van Lodewijk de Kelheimer en Ludmilla van Bohemen. Hij huwde in 1222 met Agnes (-1267), dochter van paltsgraaf Hendrik I van de Rijn, en erfgename van de Rijnpalts. Onder zijn bewind kwamen gebieden van de uitstervende geslachten van de graven van Boden, van Andechs en van de Ortenburger aan Beieren.

Hij had volgende kinderen:

• Elisabeth (1227-1273), die huwde met koning Koenraad IV
• Lodewijk II
• Hendrik XIII
• Sophie van Beieren
• Agnes van Beieren, non in het klooster Seligenthal te Landshut.

Na zijn dood werd Beieren door zijn zoons opgesplitst in Opper-Beieren en Neder-Beieren.